Wat is het verschil tussen STR- en SNP-markers?
De ISAG2006-methode gebruikt STR-markers. STR staat voor Short Tandem Repeat. Hierbij wordt op verschillende plaatsen in het DNA gekeken naar de lengte van een stukje DNA.
De ISAG2020-methode gebruikt SNP-markers (Single Nucleotide Polymorphisms). Hierbij wordt op meer dan 200 plaatsen in het DNA gekeken welke bouwsteen (A, C, G of T) aanwezig is. Deze bouwstenen vormen samen het DNA.
Kort gezegd:
- STR kijkt naar de lengte van een stukje DNA.
- SNP kijkt naar de bouwsteen op een bepaalde plek in het DNA.
Waarom stappen we over van STR naar SNP?
Internationaal is afgesproken om gebruik te maken van de nieuwste, wetenschappelijk gevalideerde DNA-markers. Daarom is de ISAG2020 SNP-methode ontwikkeld.
De oude ISAG2006 STR-methode blijft voorlopig nog bruikbaar, maar voor toekomstige fokdieren is het verstandig om direct een SNP-profiel te laten maken.
De Nederlandse Kennelclub van de FCI gebruikt sinds november 2021 al de SNP-methode. Ook veel andere landen die verplichte DNA-afstammingscontrole kennen, zijn inmiddels overgestapt.
BIj FGH kunnen beide methoden gebruikt worden.
Om de genetische diversiteit binnen het ras goed te kunnen blijven bewaken, is het belangrijk dat uiteindelijk alle fokdieren een SNP-profiel hebben.
Verandert er iets bij het afnemen van DNA?
Nee.
Het DNA wordt nog steeds afgenomen met een wangslijmvlies-swab (een wattenstaafje langs de binnenkant van de wang).
Een medewerker van de FGH neemt het monster af en stuurt de swabs naar het laboratorium.
Kun je een STR-profiel en een SNP-profiel met elkaar vergelijken?
Nee.
STR- en SNP-profielen zijn met verschillende technieken gemaakt en kunnen daarom niet rechtstreeks met elkaar worden vergeleken.
Tijdens de overgang zullen beide methoden naast elkaar gebruikt worden. Zo blijft afstammingscontrole mogelijk, zowel voor bestaande als toekomstige honden.
Kan ik een afstammingscontrole aanvragen als de ouderdieren verschillende DNA-profielen hebben?
Nee.
Voor een afstammingscontrole moeten beide ouderdieren én de pups hetzelfde type DNA-profiel hebben:
- allemaal een STR-profiel (ISAG2006), of
- allemaal een SNP-profiel (ISAG2020).
Tijdens de overgang zullen pups vaak dubbel getest worden (STR én SNP). Hierdoor komen er snel voldoende SNP-profielen beschikbaar.
Wanneer is dubbel testen niet meer nodig?
Zodra beide ouderdieren een SNP-profiel hebben, krijgen de pups alleen nog een SNP-profiel. Dan is dubbel testen niet meer nodig.
Moet mijn teef ook een STR-profiel krijgen als zij alleen een SNP-profiel heeft?
Meestal niet.
Een STR-profiel kan nog wel nodig zijn wanneer er bijvoorbeeld gebruik wordt gemaakt van ingevroren sperma van een overleden reu die alleen een STR-profiel heeft.
In dat geval kan alsnog een STR-profiel voor de teef worden aangevraagd.
Wat zijn de voordelen van een SNP-profiel?
Het SNP-profiel is ontwikkeld voor betrouwbare afstammingscontrole, maar biedt ook veel extra mogelijkheden.
Met dezelfde DNA-test kunnen in de toekomst bijvoorbeeld ook gegevens worden verzameld over:
- de genetische diversiteit binnen het ras;
- erfelijke aandoeningen;
- bekende genetische eigenschappen, zoals kleur of oordracht.
De verzamelde DNA-gegevens kunnen daarnaast gebruikt worden voor toekomstig wetenschappelijk onderzoek.
DNA-COI (inteeltcoëfficiënt)
Op het SNP-DNA-certificaat wordt ook de DNA-COI (inteeltcoëfficiënt) vermeld.
Deze waarde geeft inzicht in de genetische verwantschap van een hond. Hierdoor kunnen fokkers beter rekening houden met de genetische diversiteit en bewustere keuzes maken bij het samenstellen van een combinatie.