Uitleg Stamboom

DNA STR en DNA SNP methoden

Wat is het verschil tussen de ‘oude’ STR-markers en de SNP-markers?

De ISAG2006-markers zijn STR-markers. STR staat voor Short Tandem Repeat, oftewel korte herhalingen achter elkaar. op specifieke plekken wordt gekeken hoe lang een stukje DNA is.

De ISAG2020-markers bestaan uit ruim 200 SNP (Single Nucleotide Polymorphism – enkel nucleotide polymorfie).
We hebben het dan over de variatie die op 1 plekje op het DNA voorkomt. Nucleotiden worden gezien als de bouwstenen van het DNA.
Ze worden aangegeven in het DNA met vier letters: A, C, G en T.
Dit betekent dat er op 200 plekken wordt gekeken welke nucleotide zich daar bevindt.

 DNA SNP NIEUW PROFIEL
Waarom wordt er langzaam overgestapt van STR-markers naar SNP-markers?
Er is afgesproken om internationale markers te gebruiken.
Er is nu een nieuwere, betere en betrouwbare internationale set van markers.
Deze zijn gebaseerd op een andere methode dan we hadden. We hadden de STR-markers (ISAG2006) en gaan langzaam over naar de SNP-markers (ISAG2020).
Voorlopig kun je de STR blijven gebruiken, echter voor je fok betekend dit dat je toekomstige fokdieren het beste met SNP kan doen.
De Raad van Beheer (RvB) gebruikt al sinds nov. 2021de SNP markers, Ook andere landen die verplicht DNA afstammingscontrole kennen, zijn over gegaan op de SNP methode.
Om zo divers mogelijk te kunnen blijven fokken is het belangrijk dat ook onze fokdieren uiteindelijk met de SNP methode worden gedaan.

Wat gaat er veranderen.
Je kan bij de geboortemelding invullen welke DNA methode je wilt gebruiken,
Er zal op dezelfde manier als voorheen DNA worden afgenomen van het wangslijmvlies door middel van de swab.
De FGH medewerker zal dit doen en zorgt ervoor dat de swabs naar het laboratorium worden verstuurd.

Kan je een STR- en SNP-profiel met elkaar vergelijken?
Nee, je kan de profielen niet vergelijken.
De profielen worden gemaakt via andere methodes die je niet onderling kan vergelijken.
Het is daarom belangrijk dat we in de overgang beide methodes toepassen, zowel STR als SNP.
Zo kunnen we de afstammingscontrole nu en in de toekomst uitvoeren.

Kan ik een afstammingscontrole aanvragen wanneer beide ouderdieren niet in bezit zijn van hetzelfde profiel (een isag2006 en/of een isag2020 profiel)?
Het is nodig dat van beide ouderdieren én de pup(s) eenzelfde methode is gebruikt, dus of van alle dieren een ISAG2006 STR-profiel, of van alle dieren een ISAG2020 SNP-profiel.
We kunnen de pups in het begin dubbeltesten,(Je geeft dan bij de geboortemelding (Goud DNA STR+SNP methode aan) zodat er van alle nieuwe fokdieren eenzelfde type beschikbaar is en afstammingscontrole mogelijk wordt.

Wanneer is dubbeltesten niet meer nodig?
Zodra er een combinatie gemaakt wordt met ouderdieren die beiden in het bezit zijn van een SNP-profiel, zullen de nakomelingen uitsluitend een SNP-profiel krijgen.

Het blijft altijd mogelijk om nog het oude STR-profiel (ISAG2006) aan te vragen. Dit kan bijvoorbeeld nodig zijn wanneer er van een overleden reu sperma is opgeslagen en alleen een STR-profiel (ISAG2006) beschikbaar is.
Of wanneer je toch alleen STR wilt blijven gebruiken, Bedenk echter wel dat er steeds meer fokdieren met de SNP methode zijn gedaan en de keuze voor een geschikte partner daardoor kleiner word.

Wat kan er nog meer met een snp-profiel?
Het ISAG2006 SNP-profiel is echt gemaakt voor de afstammingscontrole. Tegelijk worden er ook andere SNP’s bepaald.
Het is mogelijk, op langere termijn, om hieruit gegevens te krijgen van mutaties voor ziektes en voor eigenschappen zoals bijvoorbeeld kleur en oordracht. We werken er hard aan om dat beschikbaar te krijgen.

Ook zal de DNA COI(Inteelt) zichtbaar zijn op DNA profiel (certificaat) dat betekend dat je beter kan selecteren op diversiteit binnen een nest.